。同样正处于航行中的运输舰队也会经常遭遇周围恒星突然爆发的电磁风暴的袭击。静止期的时间无法精确预估，总之几天到几周内太阳内部会产生某种人类未知的某种触发，一场巨大的日冕物质抛射开始，覆盖恒星表面的弧形等离子体其中一部分物质升空进入太空，带电等离子的巨大爆炸袭向行星，带电粒子（质子、中子）形成的电流会冲击行星磁场，电磁风暴其中蕴含的能量有时可能超过数十亿颗核弹爆炸。

特遣舰队此时处于外太空轨道，没有行星大气层的保护将会直接承受磁暴的冲击。星际战舰在设计之初就考虑到了抵御电磁风暴的问题，在星际战舰周围人为制造一个星舰磁场。当电磁风暴中的带电粒子碰到磁场时会沿着磁场方向运动，正负粒子分别向着磁场两极运动，处于磁场中心的战舰就安全了。通过这种方法能够有效抵抗宇宙中大多数的磁暴带电粒子束的袭击。但是人造磁场的强度毕竟是有限的，一旦磁暴强度超过磁场能够承受的极限就会击穿磁场，磁暴的带电粒子会摧毁战舰的电子设备，让战舰成为一堆废铁。

探索舰队就是这样被摧毁的，最后不得不迫降安诺基。