故吏、父子、兄弟现居官位者，一概免职禁锢，这就是所谓第二次党锢之祸。所谓“党锢”，也就是视为党人而予以禁锢，绝其仕进之路，永远不许为官。郑玄曾为杜密故吏，又曾受杜密的赏识与提携，所以也被视为党人，于建宁四年（171年）和同郡孙嵩等40余人俱被禁锢。

这一年，郑玄才45岁。

郑玄被禁锢后，绝了仕进之路，使杜门不出，隐修经业，集中全部精力来进行遍注群经的工作。郑学的主要成就，都是在这一时期完成的。汉代经学有今古文之分。秦始皇焚书后，汉代有一些老儒生凭记忆背诵出来一些经文，用当时通行的文字（隶书，即今文）记录并整理出来，叫做“今文经”。

西汉成、哀之世，刘向、刘歆父子校理秘书，发现了一部用古籀文字书写的《春秋左氏传》，再加上由孔壁所得的《逸礼》、《古文尚书》，和当时尚未立于学官的《毛诗》，便成了古文经的主要经典。研习今文经的，叫今文学派，修读古文经的，叫古文学派。

今古文经不仅经文有所不同，更重要的是其解说和观点差异甚大。两派各按自己的观点注经立说和收徒讲学，渐成水火不相容之势，发展到相互指责、论辩，相攻如仇。后来，古文经也被立于学官，取得了合法的地位，两派的斗争更加经常和激烈了。到东汉时，今古文经并行，古文学派的影响迅速扩大。郑玄进入经学界，正是处于今古文学派激烈斗争的形势之下。

今古文经学派的相互攻击，在本质上并没有什么进步意义，虽然两派都各自有一些长处。经学讲究“师法”和“家法”：严守经师之说毫不走样，叫做师法；同一经师的不同学生又各自为家，故师法之下又讲家法，在遵从师法的前提下才能成一家之言。所以，师法是追溯渊源的，家法是对师说的引伸与发展。如此“疏不破注”，叠床架屋，致使一经就有数家，一家又有若干说，各讲各的一套，谬误百出，使后学者不知所从。繁琐、支离、教条，成了经学的突出弊病。郑玄起初从第五元先学习《京氏易》、《公羊春秋》，是属于今文经学派的。后来他又跟张恭祖学习《周官》、《左氏春秋》、《古文尚书》，这是属于古文经学派的。

可见他并不专守一师之说，尊一家之言，而是博学多师，兼收并蓄。他在马融门下受业多年，而马融乃是古文经学大师，总的看，他是倾向于古文经学一边的。但是，郑玄并不遵守当时经学中师法、家法那一套，他以自己渊博的学识遍注古文经，注中并不专用古文经学家的释义，同时也采用了许多个文经学