战舰及五艘补给船炮轰高知、奈良、神户、大阪；参将乔旺率左分舰队十二艘大型战舰，十五艘中型战舰及五艘补给船炮轰名古屋、横滨、千叶、江户，不必登陆作战，但务必摧毁其抵抗意志，其余各舰队原地待命，随时准备增援两路出击舰队；李柯率部驻扎长崎，维持城内秩序，梁思泽率部把守上西山。

康熙四十二年十一月中旬，东瀛幕府得到战报，刚知晓清军已然攻占了长崎，正人心惶惶，不知是该战还是该和之际，高知、奈良、神户、大阪，古屋、横滨、千叶等沿海城市全部遭到清军战舰的狂轰乱炸，十一月二十五日，大清舰队出现在江户港湾，大量的炮弹从天而降，将江户轰成一堆的瓦砾，原本就脆弱无比的德川幕府派出了求和使节，与大清签订了《长崎条约》，条约规定：大清租借长崎为通商口岸，租期一百年，每年缴纳租金白银一两，大清商人可以在东瀛全境内通商，东瀛之海防由大清加以保护，大清保证德川幕府的合法统治，并承诺不干涉东瀛内政……

至此，长崎之战落下了帷幕，以大清全胜而告终，大清海军的初次亮相获得了圆满的成功，长崎事变标志着大清海军正式登上了历史的舞台。