发展到河南、陕西、四川三省地区。嘉庆帝亲政后，毫不迟疑地把镇压方兴未艾的农民起义作为最紧迫的政务，摆到了议事日程的首位。

嘉庆四年正月初四，即他亲政第二天，便命军机大臣传谕四川、湖北、陕西督抚、带兵大臣将领等，指斥他们“奏报粉饰，掩败为功”。严令他们“戮力同心，刻期灭贼”，警告他们：“有仍欺玩者，朕惟以军法从事”①。

此后，嘉庆帝实行一系列新政策，采取各种措施，加强了对农民起义的镇压。首先是清除军中积弊。嘉庆帝认为，川、楚、陕农民起义，历经三载，尚未荡平，完全是因为和珅当政时“压搁军报，有心欺隐，各路军营，听其意指，虚报首级，坐冒军粮，以致军务日久未竣，贻误军国”②。和珅伏诛后，他多次警告营中带兵各大员，过去皆以和珅为可恃，只图迎合钻营，并不以军事为重，现在和珅已被惩办，失所依恃，向来掩饰虚捏之技已穷，就应该“勉力蒇功，若再不力加悛改，奋发有为，督率将领等设法兜截，速擒各首逆，则军律具在”③。他大力整顿督抚将领冒功侵饷问题。自嘉庆元年至四年，已耗费军饷七千余万两，然而，“兵丁衣服褴褛，几同乞丐”④。成千上万的军饷，或被诸将领克扣侵吞，故“军营中酒肉声歌，相为娱乐”⑤，或被馈送转赠，或被浮冒开销，以弥补过去亏损，军营竟成为统兵将领及地方官员发财致富的渊薮。于是，在京谙达、侍卫、章京，无不营求赴军，那些自军中而归者，“无不营置田产，顿成殷富”⑥。嘉庆帝认为，这种军营积弊，使得将吏“日以玩兵养寇为事”⑦，军营大员“藉剿贼为名，稽延时日，不愿藏事”⑧，决心大加整饬。嘉庆四年十一月，以襄阳道胡齐崙经手湖北襄阳局军需，私扣银至二万九千余两，任情馈送，嘉庆帝将其处死籍没。对于“公然提用军需正项，信任胡齐崙一人经理，恣意侵扣，实为首先作俑”的已故湖广总督毕沅，革其子世袭职，对受贿的明亮、永保、庆成、鄂辉等领兵大员皆籍没其家。在处理湖北冒功侵饷案件时，他又派员严核四川军需虚实，“务使领兵各员无利可图，方能专心剿贼，以冀速蒇大功”①。他制定了“令各路粮台按旬开报，按月汇奏”的办法，使军饷支用的混乱情况有所纠正。

针对各路军营无所统属，将领各怀自私自利之心，争功诿过之事不断发生的情况，他授原总统四川军务的勒保为经略大臣，赐以印信，规定所有各路带兵大臣及陕西、湖北、河南督抚等悉受节制，“以一事权”②。为了赋予勒保更大的权威，嘉庆帝给予勒保“一面拿究，一面