，但是朝鲜封建统治集团由于朋党之争，对侵略者无力组织抵抗。数量不多的政府军接连失利。日本人击溃了朝鲜的一支8000人的部队的抗击，夺取了全宁山口。此时小西行长和加藤清正已经会师，以大军团开始强攻忠州，日军娴熟的攻城技巧令朝军防不胜防，第二天就被攻破了城池，忠州一失，汉城（京城）实际上已经没有防御力了。日军迅速逼近汉城（京城）。朝鲜有些地方官吏弃地而逃，国王李昖惊慌失措，仓皇放弃首都，先奔平壤，继而逃往鸭绿江边的义州。7月初，日本人兵不血刃占领王京（汉城），此时距日军登陆仅仅过了二十天。

同日本陆军的接连胜利相反，日本水军却是连连受挫，因为他们所面对的是全罗道的水军节度使李舜臣。此人弓马娴熟，精通兵法，尤其水战方面更是不世出的天才。4月20日，他就调动全道的水军赶往庆尚道去重新编组被击溃了的庆尚水军。根据敌强我弱的形势出海做游击战，以便寻找有利时机。5月7日，在玉埔海面突然袭击了停泊在这的日军50艘舰艇，共击沉了26艘，其后在追击到永登浦时又破坏了5艘。紧接着李舜臣第二天在赤珍浦偷袭了日军的补给船队，又击沉13艘。而朝鲜水军方面却仅仅一人轻伤而已，这种战果令戎马一生的秀吉也无话可说。朝鲜水军的巨大胜利，打乱了日本侵略者水陆并进的作战计划，陆军的补给开始出现危机。

日本入侵前，朝鲜水军共有4支独立舰队，其中有两支在战争刚一开始就损失了。只有李舜臣统辖的有85艘战舰的舰队，在陆军的支援下抗击日本舰队，李舜臣长于战略，吸取朝鲜水军的传统经验，在旧有战舰的基础上，发明了“龟船”战舰。龟船外包铁板，不易被重炮击伤；周身插满锥刀，使敌人不敢攀登上船。仓内备置火炮，可以随时射击，喷出火焰。龟船形制轻巧，行动敏捷，可以出入敌舰阵内，在打击日军的海战中，发挥了很大的作用。

5月29日，李舜臣的舰队开到泅川附近的露梁海面，遇到了龟井兹矩率领的12艘日舰。龟井因为惧怕李舜臣的威名，弃船登山，在陆地上摆开半月长蛇阵。适逢退潮，对朝鲜水军不利。于是朝鲜水军假装撤退，等到日军前来追讨之际，突然全舰队反转，以龟船强大的火力一举歼灭大部分敌军。之后舰队继续向东前进，于6月2日在唐浦港追上了正在劫掠发泄的龟井兹矩。李舜臣借龟船的高机动力先行击沉龟井的指挥舰，然后向敌人两翼包抄，从四面攻击已经失去指挥的日水军。是役龟井战死，21艘楼船被灭。随后6月5日和6月7日又连破